Quels sont les effets des antibiotiques sur le microbiote intestinal et comment les prévenir ?

Sélection et appauvrissement

La prise d’antibiotiques représente l’une des principales causes de dysbiose intestinale. Ces médicaments provoquent à la fois une destruction massive des bactéries et un appauvrissement de la diversité bactérienne. Pour rappel, la flore microbienne intestinale est composée d’environ 4 x 10¹³ bactéries réparties en 800 à 1 000 espèces. Suite à une antibiothérapie, un grand nombre d’espèces bactériennes commensales sont éliminées. L’importance de la dysbiose dépend du spectre d’action de l’antibiotique, de la concentration de la molécule au niveau de l’intestin, ainsi que de susceptibilités individuelles⁽¹⁾. Les patients aux âges extrêmes de la vie – nourrissons, enfants < 3 ans et sujets âgés – sont identifiés comme les patients chez qui les dysbioses post-antibiotiques du microbiote sont les plus marquées.

Altération de l’effet barrière et des fonctions métaboliques

Un microbiote altéré ne peut plus exercer correctement ses différentes fonctions, que ce soit sur le plan métabolique, ou son effet « barrière », protecteur vis-à-vis de micro-organismes pathogènes. Ainsi, l’absorption des acides gras à chaîne courte est diminuée et ces derniers se raréfient. La digestion des carbohydrates non absorbables est, elle aussi, réduite. Ce qui favorise une hypersécrétion osmotique et l’apparition de selles liquides.

Par ailleurs, l’épithélium intestinal résiste moins bien à la colonisation par des germes pathogènes tels que Clostridium difficile, Candida, salmonelles…⁽²⁾.

La restauration du microbiote après antibiothérapie peut durer plusieurs mois et elle est en général incomplète⁽¹⁾.

boulardii CNCM I-745 à la rescousse

Certains travaux attestent que l’administration de probiotiques pourrait prévenir et limiter cette dysbiose. En particulier, la levure Saccharomyces boulardii, souche CNCM I-745, a montré son effet dans plusieurs études cliniques. Chez des femmes traitées par métronidazole et ciprofloxacine (pendant 2 semaines) pour une vaginose bactérienne, l’administration concomitante ou différée de cette levure a permis d’atténuer la perte de la diversité bactérienne provoquée par l’antibiothérapie et de limiter la colonisation par des espèces bactériennes “opportunistes” généralement absentes dans un microbiote indemne⁽³⁾.

Dans un autre essai récent, S. boulardii CNCM I-745 permettait d’atténuer la dysbiose induite par l’association amoxicilline/acide clavulanique prescrite pendant 7 jours. Cette protection du microbiote était associée à une diminution nette du risque de diarrhée (7,3 % sous antibiothérapie seule, contre 3,9 % avec S. boulardii CNCM I-745, et 3,8 % dans le groupe contrôle ne recevant pas d’antibiotiques, p < 0,05)⁽⁴⁾. Par ailleurs, une méta-analyse de 2010 a mis en évidence un risque deux fois moindre de diarrhée lorsque S. boulardii CNCM I-745 est prise concomitamment au traitement antibiotique⁽⁵⁾.

Soulignons également que la levure S. boulardii CNCM I-745 peut être utilisée en même temps qu’avec des antibiotiques car elle n’est pas détruite par ces derniers, contrairement à la plupart des bactéries utilisées comme probiotiques⁽⁶⁾.

Au total, la composition et les fonctions du microbiote intestinal sont fortement altérées par la prise d’une antibiothérapie. L’administration d’un probiotique tel que S. boulardii CNCM I-745 permet de limiter les perturbations du microbiote et de diminuer les risques de diarrhée qui y sont associés.

Dr Isabelle Birden

1. Verdu E, Armand-Lefevre L, Mosca A, Kelly C. Workshop satellite : « Impact of antibiotic treatment on gut microbiota : short and long-term consequences ». Gut Summit, 10 au 11 mars 2018, Rome.
2. D’après « Antibiotiques et microbiote intestinal de l’enfant » – Congrès du GFHGNP – Amiens 11mars 2017 – Président : Dominique Turck (CHRU, Lille).
   • Mas E. : Antibiotiques chez l’enfant : quelles conséquences aujourd’hui et demain ?
   • Bellaïche M. : Les probiotiques dans la diarrhée associée aux antibiotiques.
3. Swidsinski A, Loening-Baucke V, Schulz S, Manowsky J, Verstraelen H, Swidsinski S. Functional anatomy of the colonic bioreactor: Impact of antibiotics and Saccharomyces boulardii on bacterial composition in human fecal cylinders. Syst Appl Microbiol. févr 2016;39(1):67‑75.
4. Kabbani TA, Pallav K, Dowd SE, Villafuerte-Galvez J, Vanga RR, Castillo NE, et coll. Prospective randomized controlled study on the effects of Saccharomyces boulardii CNCM I-745 and amoxicillin-clavulanate or the combination on the gut microbiota of healthy volunteers. Gut Microbes. 2 janv 2017 ; 8 (1) : 17‑32.
5. McFarland LV. Systematic review and meta-analysis of Saccharomyces boulardii in adult patients. World J Gastroenterol WJG. 14 mai 2010 ; 16 (18) : 2202‑22.
6. Neut C et coll. : Sensibilité des souches de probiotiques aux antibiotiques : est-il raisonnable de les associer? Médecine et maladies infectieuses. Volume 47, Issue 7, Novembre 2017 : 477-483.